Polega na wprowadzeniu do jelit przez odbyt specjalnego przewodu, endoskopu, na końcu którego znajduje się kamera. Umożliwia ona dokładne obejrzenie wnętrza jelit, a dzięki możliwości wprowadzenia przez niego drobnych narzędzi, także wykonywanie zabiegów (pobieranie wycinków, usuwanie polipów).

Badanie takie można wykonać ambulatoryjnie, a przygotowanie do niego polega na dokładnym oczyszczeniu jelit. W tym celu przez kilkanaście godzin przed jego przeprowadzeniem pacjent przyjmuje specjalny środek przeczyszczający i nie spożywa pokarmów.

U dorosłych zwykle wykonuje się je w znieczuleniu miejscowym lub, jeśli są wskazania, krótkotrwałym uśpieniu.